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Pilote : Insitut de l'élevage - Partenaire : INRAE, unité de recherche GENPHYSE, Toulouse

Cette UMT prend la suite de l'UMT GGPR (Gestion Génétique et génomique des petits ruminants). Elle a été labellisée en 2018 pour une durée de 5 ans.

Elle est animée par Gilles Lagriffoul IDELE) et Dominique François (INRAE).

Elle s'articule autour de 4 axes de travail :

Axe 1. Méthodes et Modèles d’évaluation génétiques et génomiques

• Transfert de la production des évaluations vers le SEM (Service d’Evaluation Mutualisée) et accompagnement scientifique du SEM (à partir de fin 2018)
• Evolution des méthodes et modèles en matière d’évaluation génétique (génomique, données longitudinales…)
• Prise en compte des données génomiques (séquences, puces SNP basse, moyenne et/ou haut débit, gènes majeurs, information issues des annotations des génomes, etc…)
• Evaluer la pertinence d’intégrer le croisement dans les modèles d’évaluation
• Prise en compte des interactions « Génotype – Environnement »
• Au niveau international, analyse de l’intérêt de mutualiser des méthodes, des données de différents pays pour améliorer ou comparer les évaluations génomiques

Axe 2. Caractères, étude du déterminisme génétique [niveau animal]

• Les travaux porteront principalement sur les caractères en lien avec l’élevage durable tel que les caractères de robustesse, de santé, d’efficience alimentaire, de reproduction (fertilité, prolificité, fonction sexuelle mâle), de survie du jeune, de longévité, de comportement, de
• qualité des produits…
• Phénotypage de précision : outil, méthodologie, pertinence du phénotype
• Etude du déterminisme génétique des caractères, estimation des paramètres génétiques, détection de QTL et de gènes en bénéficiant quand cela est possible des données génomiques haut débit
• Analyse des données longitudinales
• Etude des compromis entre fonctions ou « trade-off »
• Etude des interactions entre caractères dans différents types de systèmes, caractérisation des systèmes (autonome, agro-écologique, biologique…), prise en compte des co-produits des évaluations (effets élevages)

Axe3. Gestion des populations

• Modélisation des systèmes d’élevage pour définir les poids économiques des caractères à intégrer dans l’objectif de sélection et proposer des stratégies d’utilisation adaptées aux différentes situations mais aussi pour raisonner les modalités d’intégration du niveau de résistance dans une optique de lutte intégrée contre les maladies.
• Gestion et valorisation de la variabilité génétique intra et inter populations
• Modélisation et optimisation des programmes de sélection dans l’ère de la génomique (sélection génomique, gestion des gènes majeurs, possibilité offerte par l’assignation de parentés...)
• Etude de la diversité génétique entre les populations, signatures de sélection

Axe 4. Transfert, formation et appui aux acteurs des dispositifs génétiques ovin et caprin

• Il s’agit d’organiser la diffusion des résultats et l’appui aux acteurs de la sélection des petits ruminants 
• Contribuer à la formation (étudiants, mais aussi acteurs professionnels)
• Diffuser les résultats de recherche au travers de publications
• Prendre en compte les questionnements des acteurs de la sélection mais aussi des filières en
• matière de génétique des petits ruminants